Sau khi Sĩ Nhiếp chết, năm 226, Đông Ngô đã chia Giao Châu ra làm 2 châu: Quảng Châu gồm các quận Nam Hải, Uất Lâm, Thương Ngô (trị sở tại Phiên Ngung, nay là thành phố Quảng Châu) và Giao Châu (mới) gồm các quận Giao Chỉ, Cửu Chân, Nhật Nam, Hợp Phố (trị sở tại Long Biên)[3] và cử Sĩ Huy, con Sĩ Nhiếp làm thái thú quận Cửu Chân, nhưng Sĩ Huy không tuân lệnh mà dấy binh chiếm giữ quận Giao Chỉ. Thứ sử Giao Châu (mới) là Đới Lương (戴良) và thứ sử Quảng Châu là Lã Đại cùng hợp binh tiến đánh, dụ hàng rồi lừa giết chết mấy anh em Sĩ Huy. Khi đó Đông Ngô lại hợp nhất Quảng Châu với Giao Châu như cũ[3]. Năm 264 lại tái lập Quảng Châu[3].

Năm 265, nhà Tấn cướp ngôi nhà Ngụy, cử Dương Tắc làm thái thú quận Giao Chỉ, Đổng Nguyên làm thái thú quận Cửu Chân. Năm 272, tướng Đông Ngô là Đào Hoàng đánh chiếm lại được Giao Chỉ và Cửu Chân, được làm thứ sử Giao Châu, sau này Tôn Hạo phong cho làm Giao Châu mục.

Quận Giao Chỉ lúc này có 14 huyện: Long Biên, Câu Lậu, Vọng Hải, Luy Lâu, Tây Vu, Vũ Ninh, Chu Diên, Khúc Dương, Ngô Hưng, Bắc Đái, Kê Từ, An Định, Vũ An và Quân Bình với 12.000 hộ[3].

Thời Lưu Tống, quận Giao Chỉ gồm 12 huyện và 4.233 hộ[4], là: Long Biên, Câu Lậu, Chu Diên, Ngô Hưng, Tây Vu, Định An, Vọng Hải, Hải Bình, Vũ Ninh, Luy Lâu, Khúc Dương, Nam Định (Vũ An cũ)[4].

Thời Nam Tề, quận Giao Chỉ gồm 11 huyện: Long Biên, Vũ Ninh, Vọng Hải, Câu Lậu, Ngô Hưng, Tây Vu, Chu Diên, Nam Định, Khúc Dịch (Dương?), Hải Bình, Luy Lâu[5].